学术论文：
1.余长林、杨国歌，《贸易条件如何影响了中国制造业行业全要素生产率？》，《财贸研究》，2022年，拟发表。
2.余长林、孟祥旭，《“一带一路”倡议如何促进了中国企业创新？》，《国际贸易问题》，2022年第12期，拟发表。
3.余长林、孟祥旭，《“海归”高管与中国数字产业技术创新》，《吉林大学社会科学学报》，2022年第6期，127-145。
4.余长林、吴瑞君、赵梦，《知识产权保护与中国上市企业融资约束》，《经济研究参考》，2022年第9期，64-81。
5.余长林、孟祥旭，《高等教育与中国城市产业结构转型》，《教育与经济》，2021年第6期，20-29。
6.余长林、池菊香，《知识产权保护、融资约束与中国企业研发投入》，《吉林大学社会科学学报》，2021年第3期，142-153+237。
7.余长林、杨国歌、杜明月，《产业政策与中国数字经济行业技术创新》，《统计研究》，2021年第1期，51-64。成果被国家统计局以政务信息方式采纳使用，被《产业经济学年鉴》（2022）收录。
8.孟祥旭、余长林，《知识产权保护力度、专利质押融资与企业创新：基于专利质押融资试点的准自然实验》，《制度经济学研究》，2021年第1期，33-60。
9.余长林，《腐败如何影响了中国的环境污染？基于非正规经济的视角》，《中国管理科学》，2019年第5期，140-148。
10.李文溥、余长林、吴华坤，《系统性金融风险与预算软约束》，《新华文摘》，2018第2期，51-56。
11.李文溥、余长林、吴华坤，《系统性金融风险与预算软约束》，《东南学术》，2017第6期，65-77。被《新华文摘》2018年第2期全文转载。
12.余长林，《知识产权保护与中国出口比较优势》，《管理世界》，2016第6期，51-66。
13.余长林，《知识产权保护与中国企业出口增长的二元边际》，《统计研究》，2016第1期，35-44。
14.余长林、杨惠珍，《分权体制下中国地方政府支出对环境污染的影响》，《财政研究》，2016年第7期，46-58。
15.余长林，《知识产权保护、模仿威胁与中国制造业出口》，《经济学动态》，2015年第11期，43-54。被《中国社会科学文摘》2016年第4期全文转载，人大复印资料《国际贸易研究》2016年第4期全文转载。
16.余长林，《知识产权保护如何影响了中国的出口边际？》，《国际贸易问题》，2015年第9期，43-54。被人大复印资料《国际贸易研究》2015年第10期全文转载。
17.余长林、高宏建，《环境管制对中国环境污染的影响:基于隐性经济的视角》，《中国工业经济》，2015年第7期，21-35。
18.余长林，《知识产权保护对国际贸易的影响研究述评》，《经济评论》，2013年第1期，137-144。
19.余长林、李泽扬，《厦漳泉大都市圈产业结构的差异与互补性分析》，《海峡经济》，2012年第6期，32-36。
20.余长林，《知识产权保护与我国的进口贸易增长：基于扩展贸易引力模型的经验分析》，《管理世界》，2011年第6期，11-23。被人大复印资料《国际贸易研究》2011年第10期全文转载。
21.余长林，《知识产权保护与国际R&D溢出》，《世界经济研究》，2011年第8期，70-75。
22.林文、余长林、吴瑞君，《知识产权保护对我国吸引外商直接投资的影响：东道国特征与行业差异》，《社会科学家》，2011年第4期，44-47。
23.余长林，《财政分权、公共品供给与中国城乡收入差距》，《中国经济问题》，2011年第5期，36-45。
24.余长林，《知识产权保护、东道国特征与出口贸易》，《世界经济研究》，2010年第5期，39-44。
25.余长林，《知识产权保护与发展中国家的经济增长》，《厦门大学学报（哲学社会科学版）》，2010年第21期，51-57。
26.余长林、王瑞芳，《知识产权保护、东道国特征与外商直接投资：一个跨国的经验研究》，《世界经济研究》，2009年第10期，59-67。
27.余长林、王瑞芳，《发展中国家的知识产权保护与技术创新：只是线性关系吗？》，《当代经济科学》，2009年第3期，92-100。
28.余长林、王瑞芳，《知识产权保护与国际技术转移的关系研究进展》，《财经问题研究》，2009年第3期，50-55。
29.余长林、王瑞芳，《知识产权保护、技术差距与发展中国家的技术进步》，《当代经济科学》，2008年第4期，13-22+124。
30.余长林、王瑞芳，《论财政分权对中国通货膨胀的影响》，《当代经济研究》，2008年第10期，44-47。
31.王瑞芳、余长林，《金融发展的经济增长效应:基于扩展两部门模型的实证研究》，《山西财经大学学报》，2008年第5期，32-38。
32.王瑞芳、余长林、王娟，《中国贸易结构与人民币实际有效汇率》，《广东社会科学》，2008年第3期，39-45。被人大复印资料《国际贸易研究》2008年第10期全文转载。
33.余长林，《中国区域经济增长条件收敛分析:基于扩展Solow模型的实证研究》，《山西财经大学学报》，2008年第2期，39-46。
34.余长林，《人力资本投资结构及其经济增长效应：基于扩展MRW模型的理论与实证研究》，《数量经济技术经济研究》，2006年第12期，117-125。
35.余长林，《人力资本投资结构与经济增长:基于教育资本和健康资本的内生增长模型理论研究》，《财经研究》，2006年第10期，102-112。
36.余长林，《教育、闲暇与经济增长:理论模型与经验分析》，《南开经济研究》，2006年第1期，88-100。被人大复印资料《理论经济学》，被2006年第7期全文转载。
著作：
1.余长林，《知识产权保护对中国企业创新和企业绩效的影响研究》，经济科学出版社，2022-12。
2.余长林，《知识产权保护对中国对外贸易的影响研究》，经济科学出版社，2017-01，获福建省第十三届社会科学优秀成果奖二等奖。
3.余长林，《发展中国家知识产权保护与经济增长：基于技术供给视角的理论分析与实证检验》，经济科学出版社，2010-07。
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